Sala do medytacji znajduje się w najbardziej oddalonej części kompleksu świątynnego. Nie dociera do niej zgiełk dochodzący z głównego budynku, ani też z dojo. Nie, sala medytacyjna jest cicha i przyciemniona, przez co jej rozmiary niejako nikną w cieniu. Jedynym świetlistym punktem jest świeca, której płomień stale pali się w oddalonym od wejścia ołtarzyku. Jest to swoiste przypomnienie o obecności Amaterasu, której ogniste oko widzi wszystko oraz prosty mechanizm odmierzający przepływ czasu – rzecz bardzo względną dla tych, którzy myśli swoje kierują ku stanu pozbawionemu myśli, lub też głęboko zaglądający w swoje wnętrze. W czasie medytacji, wszyscy medytujący siadają tak, by plecami być do wnętrza sali, a twarzą do ściany, a samą medytację rozpoczyna się od ukłonu w stronę świecy i wyjścia z budynku – jest to symboliczny pokłon w stronę przyszłości i przeszłości, a siedzenie twarzą do ściany ma ułatwić skupienie się – przez panujący półmrok wzrok nie podsuwa natarczywych obrazów, a bezwzględnie przestrzegana cisza pobudza uczucie osamotnienia. W utrzymywaniu prawidłowej pozycji lotosu pomagają specjalne, wypełnione łuskami gryki, a w odpowiedni nastrój dodatkowo wprowadza woń kadzidła.
Bardzo pomyliłby się ten, kto sądzi, że można sobie tutaj przysnąć – medytacje młodych adeptów (czy to samurajów, czy też przyszłych mnichów i kapłanów), zawsze odbywają się pod nadzorem doświadczonych mistrzów, którzy w dłoniach swych dzierżą bambusowe patyki – jedna próba zaśnięcia i na głowę nieuważnego ucznia spada bolesna kara. Poza dbaniem o niezasypianie, ma ona również na celu pobudzić umysł adepta do lepszego działania – na drodze nagłego bodźca próbuje się wywołać olśnienie. Medytacje dla młodych odbywają się pod wieczór.
Przed świtem medytują mnisi oraz mistrzowie szkoły, ich nikt nie pilnuje i każdy przybywający do tego miejsca ma obowiązek zachowywać się możliwie najciszej, by nikomu nie przeszkadzać. Samurajowie zobowiązani są do pozostawienia swoich mieczy na znajdującym się przy wejściu stojaku, pozwala się im zachować krótki miecz wakizashi, jednakże nie za pasem lecz położony na podłodze przy prawym boku.
